Arhitektura muzeja je arhitektura kretanja. Dvije palače, monumentalni povijesni sklop zadarskog poluotoka, s izrazito labirintskom prostornom organizacijom, trebao bi udomiti četiri muzeja ujedinjena u jednu instituciju. U tkivo palača utiskuje se čelični konstrukt, vijugavi stakleni hodnik koji zajedno s mrežom stubišta, dizala i mostova poput paukove mreže povezuje sve etaže i sve sadržaje. Nosači konstrukta skrivaju uređaje nužne za kondicioniranje muzeja. Tehnicistička zmija među romantičnim crvenim krovovima postaje znak, simbol nekog novog sadržaja.

Dok su na prvome i drugom katu smješteni stalni postavi, prizemlje muzeja ostaje dio širega urbanog konteksta. Unutrašnja dvorišta postaju maleni trgovi izravno povezani s okolnim ulicama. Težište i glavni fokus prizemlja je ulazna dvorana, u biti natkriveno nekadašnje vanjsko dvorište, prostor u koji se sve slijeva i iz kojega počinje šetnja muzejem. Posjetitelji se otamo uspinju u čelični konstrukt, na krovnu etažu gdje i sam grad postaje važan eksponat. Nakon odabira cilja počinje obilazak spuštanjem kroz etaže muzejskog sklopa.